WormBase Tree Display for Variation: WBVar01677911
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WBVar01677911 | Name | Public_name | WBVar01677911 | |||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Other_name | cewivar00368137 | |||||||
T28F12.2c.2:c.-1186G>A | ||||||||
T28F12.2h.1:c.138G>A | ||||||||
CE33585:p.Thr120= | ||||||||
T28F12.2d.2:c.-1006G>A | ||||||||
T28F12.2f.1:c.360G>A | ||||||||
T28F12.2a.1:c.360G>A | ||||||||
T28F12.2d.4:c.-988G>A | ||||||||
T28F12.2c.1:c.-1570G>A | ||||||||
CE50189:p.Thr46= | ||||||||
T28F12.2e.1:c.249G>A | ||||||||
CE37795:p.Thr46= | ||||||||
CE33584:p.Thr83= | ||||||||
T28F12.2d.1:c.-988G>A | ||||||||
T28F12.2d.5:c.-1000G>A | ||||||||
CE21220:p.Thr83= | ||||||||
T28F12.2b.1:c.249G>A | ||||||||
CE21219:p.Thr120= | ||||||||
T28F12.2d.3:c.-1006G>A | ||||||||
T28F12.2g.1:c.138G>A | ||||||||
HGVSg | CHROMOSOME_V:g.4501773G>A | |||||||
Sequence_details | SMap | S_parent | Sequence | T28F12 | ||||
Flanking_sequences | TCTCCTATTCGAAAAATGCGAGCTCGCCAC | TCAACGCCCCGAGACACGTCACGCGACGGA | ||||||
Mapping_target | T28F12 | |||||||
Source_location | 225 | CHROMOSOME_V | 4501759 | 4501759 | From_analysis | Million_mutation_project_reanalysis | ||
Type_of_mutation | Substitution | G | A | |||||
SeqStatus | Sequenced | |||||||
Variation_type | Natural_variant | |||||||
Origin | Species | Caenorhabditis elegans | ||||||
Strain | WBStrain00006637 | From_analysis | Million_mutation_project_reanalysis | |||||
WBStrain00023072 | From_analysis | Million_mutation_project_reanalysis | ||||||
Laboratory | VC | |||||||
Analysis | Million_mutation_project_reanalysis | |||||||
Status | Live | |||||||
Affects | Gene | WBGene00006796 | ||||||
Transcript | T28F12.2h.1 | VEP_consequence | synonymous_variant | |||||
VEP_impact | LOW | |||||||
HGVSc | T28F12.2h.1:c.138G>A | |||||||
HGVSp | CE50189:p.Thr46= | |||||||
cDNA_position | 138 | |||||||
CDS_position | 138 | |||||||
Protein_position | 46 | |||||||
Exon_number | 2/9 | |||||||
Codon_change | acG/acA | |||||||
Amino_acid_change | T | |||||||
T28F12.2e.1 | VEP_consequence | synonymous_variant | ||||||
VEP_impact | LOW | |||||||
HGVSc | T28F12.2e.1:c.249G>A | |||||||
HGVSp | CE33584:p.Thr83= | |||||||
cDNA_position | 249 | |||||||
CDS_position | 249 | |||||||
Protein_position | 83 | |||||||
Exon_number | 3/10 | |||||||
Codon_change | acG/acA | |||||||
Amino_acid_change | T | |||||||
T28F12.2d.4 | VEP_consequence | 5_prime_UTR_variant | ||||||
VEP_impact | MODIFIER | |||||||
HGVSc | T28F12.2d.4:c.-988G>A | |||||||
cDNA_position | 569 | |||||||
Exon_number | 3/12 | |||||||
T28F12.2d.1 | VEP_consequence | 5_prime_UTR_variant | ||||||
VEP_impact | MODIFIER | |||||||
HGVSc | T28F12.2d.1:c.-988G>A | |||||||
cDNA_position | 364 | |||||||
Exon_number | 3/12 | |||||||
T28F12.2a.1 | VEP_consequence | synonymous_variant | ||||||
VEP_impact | LOW | |||||||
HGVSc | T28F12.2a.1:c.360G>A | |||||||
HGVSp | CE21219:p.Thr120= | |||||||
cDNA_position | 364 | |||||||
CDS_position | 360 | |||||||
Protein_position | 120 | |||||||
Exon_number | 4/12 | |||||||
Codon_change | acG/acA | |||||||
Amino_acid_change | T | |||||||
T28F12.2b.1 | VEP_consequence | synonymous_variant | ||||||
VEP_impact | LOW | |||||||
HGVSc | T28F12.2b.1:c.249G>A | |||||||
HGVSp | CE21220:p.Thr83= | |||||||
cDNA_position | 715 | |||||||
CDS_position | 249 | |||||||
Protein_position | 83 | |||||||
Exon_number | 4/12 | |||||||
Codon_change | acG/acA | |||||||
Amino_acid_change | T | |||||||
T28F12.2d.2 | VEP_consequence | 5_prime_UTR_variant | ||||||
VEP_impact | MODIFIER | |||||||
HGVSc | T28F12.2d.2:c.-1006G>A | |||||||
cDNA_position | 366 | |||||||
Exon_number | 3/12 | |||||||
T28F12.2d.5 | VEP_consequence | 5_prime_UTR_variant | ||||||
VEP_impact | MODIFIER | |||||||
HGVSc | T28F12.2d.5:c.-1000G>A | |||||||
cDNA_position | 244 | |||||||
Exon_number | 2/11 | |||||||
T28F12.2c.1 | VEP_consequence | 5_prime_UTR_variant | ||||||
VEP_impact | MODIFIER | |||||||
HGVSc | T28F12.2c.1:c.-1570G>A | |||||||
cDNA_position | 358 | |||||||
Exon_number | 3/11 | |||||||
T28F12.2d.3 | VEP_consequence | 5_prime_UTR_variant | ||||||
VEP_impact | MODIFIER | |||||||
HGVSc | T28F12.2d.3:c.-1006G>A | |||||||
cDNA_position | 718 | |||||||
Exon_number | 3/12 | |||||||
T28F12.2g.1 | VEP_consequence | synonymous_variant | ||||||
VEP_impact | LOW | |||||||
HGVSc | T28F12.2g.1:c.138G>A | |||||||
HGVSp | CE37795:p.Thr46= | |||||||
cDNA_position | 138 | |||||||
CDS_position | 138 | |||||||
Protein_position | 46 | |||||||
Exon_number | 2/9 | |||||||
Codon_change | acG/acA | |||||||
Amino_acid_change | T | |||||||
T28F12.2c.2 | VEP_consequence | 5_prime_UTR_variant | ||||||
VEP_impact | MODIFIER | |||||||
HGVSc | T28F12.2c.2:c.-1186G>A | |||||||
cDNA_position | 557 | |||||||
Exon_number | 3/11 | |||||||
T28F12.2f.1 | VEP_consequence | synonymous_variant | ||||||
VEP_impact | LOW | |||||||
HGVSc | T28F12.2f.1:c.360G>A | |||||||
HGVSp | CE33585:p.Thr120= | |||||||
cDNA_position | 364 | |||||||
CDS_position | 360 | |||||||
Protein_position | 120 | |||||||
Exon_number | 4/11 | |||||||
Codon_change | acG/acA | |||||||
Amino_acid_change | T | |||||||
Method | WGS_Flibotte |