WormBase Tree Display for Variation: WBVar00143398
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| WBVar00143398 | Evidence | Paper_evidence | WBPaper00005927 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Name | Public_name | e678 | |||||||
| Sequence_details | Type_of_mutation | Deletion | |||||||
| SeqStatus | Pending_curation | ||||||||
| Variation_type | Allele | ||||||||
| Origin | Species | Caenorhabditis elegans | |||||||
| Strain (225) | |||||||||
| Laboratory | CB | ||||||||
| LW | |||||||||
| Status | Live | ||||||||
| Affects | Gene | WBGene00003056 | |||||||
| Interactor | WBInteraction000521785 | ||||||||
| WBInteraction000521941 | |||||||||
| WBInteraction000524031 | |||||||||
| WBInteraction000537302 | |||||||||
| Genetics | Mapping_data | In_2_point (46) | |||||||
| In_multi_point | 164 | ||||||||
| 165 | |||||||||
| 166 | |||||||||
| 167 | |||||||||
| 168 | |||||||||
| 169 | |||||||||
| 170 | |||||||||
| 171 | |||||||||
| 173 | |||||||||
| 177 | |||||||||
| 230 | |||||||||
| 277 | |||||||||
| 278 | |||||||||
| 280 | |||||||||
| 281 | |||||||||
| 282 | |||||||||
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| 358 | |||||||||
| 359 | |||||||||
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| 395 | |||||||||
| 410 | |||||||||
| 415 | |||||||||
| 416 | |||||||||
| 417 | |||||||||
| 419 | |||||||||
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| 422 | |||||||||
| 423 | |||||||||
| 424 | |||||||||
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| 532 | |||||||||
| 533 | |||||||||
| 534 | |||||||||
| 535 | |||||||||
| 536 | |||||||||
| 551 | |||||||||
| 552 | |||||||||
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| 587 | |||||||||
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| 618 | |||||||||
| 619 | |||||||||
| 644 | |||||||||
| 645 | |||||||||
| 646 | |||||||||
| 731 | |||||||||
| 732 | |||||||||
| 789 | |||||||||
| 793 | |||||||||
| 794 | |||||||||
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| 1194 | |||||||||
| 1207 | |||||||||
| 1208 | |||||||||
| 1212 | |||||||||
| 1213 | |||||||||
| 1319 | |||||||||
| 1320 | |||||||||
| 1321 | |||||||||
| 1322 | |||||||||
| 1328 | |||||||||
| 1339 | |||||||||
| 1342 | |||||||||
| 1346 | |||||||||
| 1353 | |||||||||
| 1369 | |||||||||
| 1387 | |||||||||
| 1540 | |||||||||
| 1546 | |||||||||
| 1547 | |||||||||
| 1550 | |||||||||
| 1551 | |||||||||
| 1588 | |||||||||
| 1739 | |||||||||
| 2005 | |||||||||
| 2087 | |||||||||
| 2171 | |||||||||
| 2227 | |||||||||
| 2228 | |||||||||
| 2229 | |||||||||
| 2230 | |||||||||
| 2231 | |||||||||
| 2232 | |||||||||
| 2233 | |||||||||
| 2234 | |||||||||
| 2289 | |||||||||
| 2290 | |||||||||
| 2291 | |||||||||
| 2292 | |||||||||
| 2428 | |||||||||
| 2441 | |||||||||
| 2442 | |||||||||
| 2453 | |||||||||
| 2461 | |||||||||
| 3243 | |||||||||
| 3272 | |||||||||
| 3293 | |||||||||
| 3322 | |||||||||
| 3323 | |||||||||
| 3378 | |||||||||
| 3516 | |||||||||
| 4784 | |||||||||
| 4794 | |||||||||
| 4795 | |||||||||
| 5465 | |||||||||
| 5472 | |||||||||
| In_pos_neg_data (19) | |||||||||
| Marked_rearrangement | szT1[lon-2(e678) unc-29(e403)] | ||||||||
| szT1[lon-2(e678)] | |||||||||
| Description | Phenotype | WBPhenotype:0000022 | Paper_evidence | WBPaper00005927 | |||||
| WBPaper00000031 | |||||||||
| WBPaper00029002 | |||||||||
| WBPaper00043908 | |||||||||
| WBPaper00005747 | |||||||||
| Person_evidence | WBPerson261 | ||||||||
| Curator_confirmed | WBPerson48 | ||||||||
| WBPerson557 | |||||||||
| WBPerson712 | |||||||||
| WBPerson2987 | |||||||||
| Remark | 50% longer than wild type | Paper_evidence | WBPaper00005927 | ||||||
| Curator_confirmed | WBPerson48 | ||||||||
| about 50% longer than wildtype at all stages | Person_evidence | WBPerson261 | |||||||
| Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||||
| Table 1 | Paper_evidence | WBPaper00005747 | |||||||
| Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
| Phenotype_assay | Genotype | kaIs12 [col-19::gfp] | Paper_evidence | WBPaper00005747 | |||||
| Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
| Ease_of_scoring | ES3_Easy_to_score | Person_evidence | WBPerson261 | ||||||
| Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||||
| WBPhenotype:0000050 | Person_evidence | WBPerson261 | |||||||
| Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||||
| Remark | some embryonic lethality | Person_evidence | WBPerson261 | ||||||
| Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||||
| Penetrance | Incomplete | Person_evidence | WBPerson261 | ||||||
| Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||||
| WBPhenotype:0000164 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
| Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
| WBPhenotype:0000444 | Person_evidence | WBPerson261 | |||||||
| Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||||
| Remark | Male bursa slightly elongated. Mating always successful (ME3), possibly mating not successful (ME0) at 25C. | Person_evidence | WBPerson261 | ||||||
| Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||||
| Penetrance | Incomplete | Person_evidence | WBPerson261 | ||||||
| Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||||
| WBPhenotype:0000961 | Paper_evidence | WBPaper00005747 | |||||||
| Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
| Remark | Table 1 | Paper_evidence | WBPaper00005747 | ||||||
| Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
| Phenotype_assay | Genotype | kaIs12 [col-19::gfp] | Paper_evidence | WBPaper00005747 | |||||
| Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
| WBPhenotype:0001005 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
| Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
| WBPhenotype:0001183 | Paper_evidence | WBPaper00053362 | |||||||
| Curator_confirmed | WBPerson25685 | ||||||||
| WBPhenotype:0001412 | Paper_evidence | WBPaper00005747 | |||||||
| Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
| Remark | Authors report "multiple or discontinuous ala" (Table 1) | Paper_evidence | WBPaper00005747 | ||||||
| Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
| Phenotype_assay | Genotype | kaIs12 [col-19::gfp] | Paper_evidence | WBPaper00005747 | |||||
| Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
| WBPhenotype:0001517 | Paper_evidence | WBPaper00005747 | |||||||
| Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
| Remark | Authors report "abnormal branched annuli (lateral hypodermis)" and "wide annuli" (Table 1) | Paper_evidence | WBPaper00005747 | ||||||
| Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
| Phenotype_assay | Genotype | kaIs12 [col-19::gfp] | Paper_evidence | WBPaper00005747 | |||||
| Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
| WBPhenotype:0002284 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
| Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
| WBPhenotype:0002289 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
| Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
| WBPhenotype:0002293 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
| Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
| WBPhenotype:0002295 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
| Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
| WBPhenotype:0002300 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
| Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
| WBPhenotype:0002301 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
| Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
| WBPhenotype:0002309 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
| Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
| WBPhenotype:0002312 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
| Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
| WBPhenotype:0002319 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
| Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
| WBPhenotype:0002322 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
| Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
| WBPhenotype:0002325 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
| Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
| WBPhenotype:0002337 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
| Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
| WBPhenotype:0002345 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
| Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
| WBPhenotype:0004022 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
| Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
| WBPhenotype:0004023 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
| Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
| Phenotype_not_observed | WBPhenotype:0000505 | Paper_evidence | WBPaper00001328 | ||||||
| Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||||
| Remark | Males are not Ram. | Paper_evidence | WBPaper00001328 | ||||||
| Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||||
| EQ_annotations | Anatomy_term | WBbt:0006941 | PATO:0000460 | Paper_evidence | WBPaper00001328 | ||||
| Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||||
| Life_stage | WBls:0000056 | PATO:0000460 | Paper_evidence | WBPaper00001328 | |||||
| Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||||
| Phenotype_assay | Temperature | 20C | Paper_evidence | WBPaper00001328 | |||||
| Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||||
| Genotype | him-5(e1490) | Paper_evidence | WBPaper00001328 | ||||||
| Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||||
| WBPhenotype:0001652 | Paper_evidence | WBPaper00032446 | |||||||
| Curator_confirmed | WBPerson2021 | ||||||||
| WBPhenotype:0001767 | Paper_evidence | WBPaper00032413 | |||||||
| Curator_confirmed | WBPerson2021 | ||||||||
| Remark | No significant defects in embryonic DA/DB motor neuron left/right projection patterns (Figure S1A). | Paper_evidence | WBPaper00032413 | ||||||
| Curator_confirmed | WBPerson2021 | ||||||||
| Variation_effect | Null | Paper_evidence | WBPaper00032413 | ||||||
| Curator_confirmed | WBPerson2021 | ||||||||
| Reference (33) | |||||||||
| Remark | e678 is a ~9 kb deletion | ||||||||
| Variation stub/paper connection generated from the May 2021 NN VFP dataset. | |||||||||
| Created by WBPerson51134 from the NN_VFP_triage_pipeline | |||||||||
| Method | Deletion_allele |
