WormBase Tree Display for Variation: WBVar00144275
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WBVar00144275 | Evidence | Paper_evidence | WBPaper00003082 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Name | Public_name | e1745 | |||||
Other_name | e1745ts | ||||||
CE51835:p.Trp1094Ter | |||||||
CE32051:p.Trp1072Ter | |||||||
F56D1.4d.1:c.3210G>A | |||||||
F56D1.4e.1:c.3282G>A | |||||||
F56D1.4a.1:c.3216G>A | |||||||
F56D1.4b.1:c.3321G>A | |||||||
CE32052:p.Trp1107Ter | |||||||
CE26369:p.Trp1070Ter | |||||||
HGVSg | CHROMOSOME_II:g.5472274G>A | ||||||
Sequence_details | SMap | S_parent | Sequence | F56D1 | |||
Flanking_sequences | tgtgttcatctacaaagcacttgcggaatg | cacatgtatggtgatactgatgaagatgtt | |||||
Mapping_target | F56D1 | ||||||
Type_of_mutation | Substitution | g | a | Paper_evidence | WBPaper00003082 | ||
SeqStatus | Sequenced | ||||||
Variation_type | Allele | ||||||
Origin | Species | Caenorhabditis elegans | |||||
Strain (24) | |||||||
Laboratory | CB | ||||||
Status | Live | ||||||
Affects | Gene | WBGene00000548 | |||||
Transcript | F56D1.4a.1 | VEP_consequence | stop_gained | ||||
VEP_impact | HIGH | ||||||
HGVSc | F56D1.4a.1:c.3216G>A | ||||||
HGVSp | CE32051:p.Trp1072Ter | ||||||
cDNA_position | 3331 | ||||||
CDS_position | 3216 | ||||||
Protein_position | 1072 | ||||||
Exon_number | 17/20 | ||||||
Codon_change | tgG/tgA | ||||||
Amino_acid_change | W/* | ||||||
F56D1.4e.1 | VEP_consequence | stop_gained | |||||
VEP_impact | HIGH | ||||||
HGVSc | F56D1.4e.1:c.3282G>A | ||||||
HGVSp | CE51835:p.Trp1094Ter | ||||||
cDNA_position | 3282 | ||||||
CDS_position | 3282 | ||||||
Protein_position | 1094 | ||||||
Exon_number | 17/20 | ||||||
Codon_change | tgG/tgA | ||||||
Amino_acid_change | W/* | ||||||
F56D1.4b.1 | VEP_consequence | stop_gained | |||||
VEP_impact | HIGH | ||||||
HGVSc | F56D1.4b.1:c.3321G>A | ||||||
HGVSp | CE32052:p.Trp1107Ter | ||||||
cDNA_position | 3417 | ||||||
CDS_position | 3321 | ||||||
Protein_position | 1107 | ||||||
Exon_number | 18/21 | ||||||
Codon_change | tgG/tgA | ||||||
Amino_acid_change | W/* | ||||||
F56D1.4d.1 | VEP_consequence | stop_gained | |||||
VEP_impact | HIGH | ||||||
HGVSc | F56D1.4d.1:c.3210G>A | ||||||
HGVSp | CE26369:p.Trp1070Ter | ||||||
cDNA_position | 3326 | ||||||
CDS_position | 3210 | ||||||
Protein_position | 1070 | ||||||
Exon_number | 17/20 | ||||||
Codon_change | tgG/tgA | ||||||
Amino_acid_change | W/* | ||||||
Interactor (35) | |||||||
Genetics | Interpolated_map_position | II | -1.29801 | ||||
Mapping_data | In_2_point | 4225 | |||||
In_multi_point | 850 | ||||||
851 | |||||||
852 | |||||||
853 | |||||||
881 | |||||||
882 | |||||||
1384 | |||||||
1789 | |||||||
2326 | |||||||
3137 | |||||||
In_pos_neg_data | 3803 | ||||||
7105 | |||||||
7111 | |||||||
7118 | |||||||
7120 | |||||||
7129 | |||||||
7133 | |||||||
Description (2) | |||||||
Reference (20) | |||||||
Method | Substitution_allele |